IMAP jättää haetut postit palvelimelle, ellet niitä erikseen poisteta. Voit lukea IMAP:lla postit usealle eri koneelle ja myös lähetetyt viestit pysyvät yleensä synkronoituina. IMAP:a käytettäessä esimerkiksi tietokoneen vaihtaminen on postin kannalta vaivaton vaihtoehto.
POP3 poistaa postit noudettaessa ne palvelimelta, joten niitä ei voi sen jälkeen enää katsella toisella koneella tai verkkopostissa.
Useissa sähköpostiohjelmissa on toiminto, jolla viesti voidaan jättää palvelimelle vaikka käytetään POP3:a. Tällöin voidaan usein myös asettaa viesti säilymään palvelimella jonkin aikaa, jonka jälkeen viesti poistetaan palvelimelta. Tämä ei kuitenkaan tuhoa viestiä omalta koneeltasi.